#~/bash/
# enable next line for debugging purpose
# set -x 

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##--------- Starting the For Loop ---------##
##--------- ALL FILES IN DIRECTORY---------##
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sourceDirectory="/home/users/Documents/Sentinel_1_Data"
for F in $(ls -1d "${sourceDirectory}"/S1A*.zip); do

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##-------- LABELLING THE VARIABLES --------##
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	SenStamp=$(echo $F | cut -c65-79) # take starttime as variable
	SenType=$(echo $F | cut -c48-50) # S1A or S1B
	Abs_Or=$(echo $F | cut -c97-102) # Absolute Orbit Number

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##------ RELATIVE ORBIT CALCULATION -------##
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	if [ $SenType = "S1A" ];
	then
		Abs_S1=$(expr "$Abs_Or" - 73)
	else
		Abs_S1=$(expr "$Abs_OR" - 27)
	fi
	ro=$(($(($Abs_S1 % 175))+1))

	check=${#ro}
	leng=3
	if [ $check = "2" ]; 
	then
		ex0=0
		ro3=$ex0$ro
	else
		ro3=$ro
	fi

	if [ $ro3 = "030" ] || [ $ro3 = "154" ]; then
	
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##----- FILENAME AND PATH DEFINITION ------##
#############################################
		VV_filepath="/home/users/Documents/Sentinel_1_FINAL/VV/${ro3}/${SenStamp}_VV.dim"
		VV_data="/home/users/Documents/Sentinel_1_FINAL/VV/${ro3}/${SenStamp}_VV.data"
		VV_csv_fpath="/home/users/Documents/Sentinel_1_FINAL/VV/${ro3}/${SenStamp}_VV.csv"
		
		LIA_filepath="/home/users/Documents/Sentinel_1_FINAL/LIA/${ro3}/${SenStamp}_LIA.dim"
		LIA_data="/home/users/Documents/Sentinel_1_FINAL/LIA/${ro3}/${SenStamp}_LIA.data"
		LIA_csv_fpath="/home/users/Documents/Sentinel_1_FINAL/LIA/${ro3}/${SenStamp}_LIA.csv"

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##---- RUNNING ORBITAL CORRECTION XMLs ----##
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		/home/users/snap/bin/gpt /home/users/.snap/graphs/User\ Graphs/A1_ApplyOrbitFile.xml -PinputA1=$F -PoutputA1=/home/users/Documents/Sentinel_1_Holding/A1ouput.dim
		echo

#############################################
##--- RUNNING THERMAL NOISE REMOVAL XMLs --##
#############################################
		/home/users/snap/bin/gpt /home/users/.snap/graphs/User\ Graphs/A2_ThermalNoiseRemoval.xml -PinputA2=/home/users/Documents/Sentinel_1_Holding/A1ouput.dim -PoutputA2=/home/users/Documents/Sentinel_1_Holding/A2ouput.dim
		echo

#############################################
##--------- REMOVING UNNEEDED FILES--------##
#############################################
		rm /home/users/Documents/Sentinel_1_Holding/A1ouput.dim
		rm -r /home/users/Documents/Sentinel_1_Holding/A1ouput.data

#############################################
##--- RUNNING THERMAL NOISE REMOVAL XMLs --##
#############################################
		/home/users/snap/bin/gpt /home/users/.snap/graphs/User\ Graphs/A7_RemoveGRDBorder.xml -PinputA7=/home/users/Documents/Sentinel_1_Holding/A2ouput.dim -PoutputA7=/home/users/Documents/Sentinel_1_Holding/A3ouput.dim
		echo

#############################################
##--------- REMOVING UNNEEDED FILES--------##
#############################################
		rm /home/users/Documents/Sentinel_1_Holding/A2ouput.dim
		rm -r /home/users/Documents/Sentinel_1_Holding/A2ouput.data

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##--- RUNNING CALIBRATION -> SUBSET XMLs --##
#############################################
		/home/users/snap/bin/gpt /home/users/.snap/graphs/User\ Graphs/A3_CalibrationOnwards_subsets_noVH_csv.xml -PinputA3=/home/users/Documents/Sentinel_1_Holding/A3ouput.dim -PoutputA3_VV=$VV_filepath -PoutputA3_LIA=$LIA_filepath -PoutputA3_VV_csv=$VV_csv_fpath -PoutputA3_LIA_csv=$LIA_csv_fpath
		echo

#############################################
##--------- REMOVING UNNEEDED FILES--------##
#############################################
		rm /home/users/Documents/Sentinel_1_Holding/A3ouput.dim
		rm -r /home/users/Documents/Sentinel_1_Holding/A3ouput.data
		echo
		echo $SenStamp
		echo "Finished Loop."
		echo
	fi
	rm $F
done